A estrutura de gestão do INTERACT pretende promover as melhores práticas no acompanhamento das atividades cientifícas e as técnicas previstas, no recrutamento de recursos humanos e na divulagação, respeitando escrupulosamente os prazos e os recursos disponíveis. O estilo de gestão será largamente cooperativo e a sua estrutura garante a representação de todos os participantes.

A ligação com o CITAB (Centro de Investigação e Tecnologias Agroambientais e Biológicas) da UTAD (Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro) será permanente ao longo do desenvolvimento do projeto, sendo que a estrutura burocrática será tão leve quanto possível.


A equipa administrativa da instituição, que inclui os recursos humanos, financeiros e contabílisticos, gestão de relações públicas e o Gabinete de Apoio a Projetos (GAP), estão envolvidos em todas as atividades de coordenação do projeto INTERACT. A reitoria da UTAD e o GAP, bem como o Coordenador do Projeto estarão em contacto direto e permanente com a CCDRN (Comissão de Cordenação de Desenvolvimento da Região Norte).


Supervisiona, em cada linha de investigação, a gestão diária do projeto, a gestão de recursos humanos e se o plano está de acordo com a proposta inicial


Em cada linha de investigação, existe uma equipa de quatro consultores (personolidade com relevância cientifica) definida pela direção do CITAB, podendo incluir elementos externos ao INTERACT e ao CITAB como stakeholders convidados. As personalidades escolhidas poderão integrar o Conselho Consultivo daquele centro. Esta equipa dará conselhos sobre decisões e estratégias seguidas durante o desenvolvimento do projeto. 


A Assembleia Anual de cada linha de investigação decorrerá no fim de cada ano do projeto, sendo que é esperada a participação de todos os participantes. A Assembleia durará um dia, sendo que são realizadas apresentações orais pelos bolseiros de investigação e por outros participantes das várias tarefas do projeto. Este evento permite monitorizar o estado do projeto e discutir os resultados com todos os participantes e o Conselho Consultivo


A Comissão de Direção de cada linha de investigação é responsável pela monitorização do progresso cientifíco do projeto e pela tomada de decisões de acordo com o plano de trabalho, assegurando uma contínua coerencia e sinergias entre as atividades das várias tarefas. A Comissão também ajudará o Coordenador de Projeto na implementação em rede de atividade ligadas a questões legais, administrativas e financeiras. As reuniões da Comissão são regulares de acordo com o desenvolvimento das atividades do projeto. A esta Comissão, pertencem o Coordenador do Projeto e um membro de cada Tarefa designado pelo Coodenador em consonância com as Comissões de Tarefas. 


A Comissão de Tarefas, existente em cada linha de investigação, é a componente operacional onde todos os participantes das tarefas do projeto estão representados. Cada membro de uma tarefa tem assento na Comissão e é responsável pela implementação das ativiades, objetivos, acompanhamento de resultados prelimanares e entrega dos relatórios finais.   


A gestão das atividades do projeto começa com um encontro inicial com a participação de toda a equipa do INTERACT.  O Conselho Consultivo é convidado para este primeiro encontro de forma a aconselhar sobre o plano de trabalho. Além disso, as três reuniões da Assembleia Anual serão agendadas para discutir o progresso do trabalho e preparar as atividades do próximo ano. Artigos revistos por pares publicados em revistas cientificas, comunicações em congressos, divulgação dos resultados junto de stakeholders e relatórios anuais serão planeados de forma atempada em cada reunião.  O Conselho Consultivo marca presença nestas reuniões para discutir a investigação em curso, assim como dar orientações cientificas e conselhos sobre futuras atividades.


No fim de cada ano de atividade, o projeto organiza as Jornadas INTERACT com o objetivo de divulgar os principais resultados junto das instituições públicas nacionais e regionais  e dos stakeholders. Especialistas externos são também convidados para partilhar o seu conhecimento e, desta forma, ajudar na divulgação dos resultados obtidos e promover a transmissão de conhecimentos.